Бамп блджад.

>как найти элемент, по которому юзер кликнул мышой.

Видимо так же, как при рендере, луч из камеры, и т. д.
В pr советовали годную книжку - Андре Ламот, "Программирование трехмерных игр для windows"

>bevel, extrude

Не понимаю, что про них можно написать. Векторная арифметика во все поля.
Книжек более-менее общего толка, про топологию, применительно к компьютерной графике, не встречал.