>>117794667 Участие в распределенных вычислениях может значительно помочь науке. Сумарная мощность компьютеров у народа, уже превышает мощность суперкомпьютеров, на которых сейчас вычисляют пули и прочие военные ненужные штуки. Есть проект Rosetta@HOME, в котором можно участвовать просто установив программу. Есть ещё fold.it, где можно вычислять белки играя в такую себе игру.
Треды удаляют, потому, что самоорганизация невыгодна. Да и модераторы же. Гормоны давят.
>>117795625 Нет. Данные в ОП-посте: http://arhivach.org/thread/150599/ На военную бестолочь идёт намного больше ресурсов и энергии. Как и на всеобщее потреблядство. >>117795665 Благодаря распределенным вычислениям удалось понять геном человека. Следующий шаг это протеины. Проект Rosetta@HOME постоянно выкладывает результаты. Исходный код открыт.
>>117795759 Ищи о проекте Rosetta@HOME. Или ты о той статье в ОП-посте? Это оценки компьютерных ресурсов, хотя за последние года вычислительная мощность увеличилась на порядок, а цены упали. >>117795836 Ну, уж и нет. Да и нет никакого Ерохина в этом плане.
>>117795759 Ищи о проекте Rosetta@HOME. Или ты о той статье в ОП-посте? Это оценки компьютерных ресурсов, хотя за последние года вычислительная мощность увеличилась на порядок, а цены упали. >>117795836 Ну, уж и нет. Да и нет никакого Ерохина в этом плане.
>>117794250 (OP) поясните за мемасик вычислять протеины. Это надо на свой пеку установить очередного трояна-маня-майнера, чтобы может быть выиграть в генетическую лотерею?
>>117795993 Молодость, а то и бессмертие. Продукты станут лучше. Жизнь улучшится. Ты даже сможешь сделать свою престарелую мать омолодить и она, возможно, станет твоей девушкой.
Ваши компьютеры простаивают и тратят энергию на БЕЗДЕЙСТВИЕ. Хотя, в этот момент могли бы заняться полезным делом. Потребление электричества не вырастет. И пользы всему человечеству, включая человека установившего программу намного больше, чем в "игорах".
>>117796709 Хочешь умирать и жить, как в аду? Ад уже здесь. И это можно изменить почти ничего не делая. Просто установив программу, которая помогает всему человечеству, включая тебя.
>>117796828 >измените ад и рай бла бла бла просто установите эту программу >очистите душу, купив у нас эту книжку >живете в говне везде пыль, купите пылесос
>>117797176 Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление трехмерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Немного непонятно?
Сейчас во всем разберемся. Все живые организмы на земле построены на белковой основе. Белок как бы является строительным материалом, или, если угодно, “материалом жизни” для всех живых существ. Разнообразные формы белков принимают участие во всех процессах, происходящих в живых организмах. В теле человека из белков формируются мышцы, связки, сухожилия, все органы и железы, волосы, ногти; белки входят в состав жидкостей и костей. Ферменты и гормоны, катализирующие и регулирующие все процессы в организме, также являются белками. Каждый белок в организме уникален и существует для специальных целей, т. е белки не являются взаимозаменяемыми. В дальнейшем станет понятно, насколько это важно. Белок состоит из аминокислот (как слово состоит из букв). Для разных организмов, конечно, количество белков («слов») и их длина («количество букв в слове») заметно отличается – чем сложнее устроен организм, тем возрастает количество и сложность белков – но это и понятно – у человеческого организма гораздо больше функций, чем у какой-нибудь инфузории. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" стали известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Ранее были изучены многие белки других живых организмов. Процесс пополнения этой информационной базы продолжается до сих пор, ведь природа живых существ так многообразна! Вы помните, что каждый белок уникален?
Что же произойдет, если организм в результате какой-то причины перестанет вырабатывать какой-то белок?
Правильно, приходит болезнь (и как это ни прискорбно, в некоторых случаях организм может прекратить свое существование), вот почему все это так важно. Исследования по данному проекту помогут всему человечеству в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и многими другими генетическими и вирусными заболеваниями.
Основная проблема - объем расчетов. Белков великое множество и каждый белок, как мы с вами уже знаем, уникален. Как же охватить все это огромное многообразие? Кто лучше всех справится с обработкой таких гигантских объемов информации? Ответ очевиден - конечно, компьютер. Ну, раз компьютер, то ему нужна программа для вычислений. В результате огромной работы ученых и других специалистов в этой области, на основе существующих знаний эта программа была создана и получила имя - Rosetta. Для выполнения расчетов по этой программе нужна фантастическая вычислительная мощность. Вот тут-то на помощь и приходят распределенные вычисления.
Будем надеяться, что все вместе мы сумеем достичь заданных целей в этом проекте.
Что считает эта программа, как происходит обработка информации?
Одно из самых важных открытий в молекулярной биологии – то, что в пространстве белковая структура (связка аминокислот) стремится занять такое положение, чтобы энергия этой структуры была минимальна (представьте шар в трубе - шар будет всегда катиться вниз к основанию трубы, потому что это - самое устойчивое состояние.).
Итак, задача программы – посчитать наименьшую энергию белковой системы, если известны составляющие этой системы (аминокислоты) – при этой минимальной энергии это и будет искомый белок!
Другая сложность: последовательностей аминокислот, из которых состоит белок много, в пространстве их можно соединить разными способами (говоря по- другому, имеется много степеней свободы). Сочетание различных комбинаций соединений аминокислот дает огромные цифры - вот причина, по которой проекту так нужны большие вычислительные мощности. Приведу еще аналогию, которая мне очень нравится, она описана основателем проекта – Дэвидом Бейкером, профессором биохимии Университета медицинских исследований Ховарда Хьюза в Вашингтоне (David Baker, Professor of Biochemistry at the University of Washington Howard Hughes Medical Institute investigator) на сайте проекта : "Вы - космический исследователь и обнаруживаете новую планету, ваша задача - найти и сообщить координаты самой низкой точки поверхности планеты. Как Вам найти эту самую низкую точку? Одна из возможностей - приземлится где- нибудь на планете, и начать поиски оттуда. Тем не менее, если планета очень большая, вряд ли ваш корабль приземлится где-нибудь в глубокой долине, чтобы находить эту самую низкую точку. Например, если вы приземлились бы на нашу Землю, вы вряд ли найдете самую низкую точку, которая располагается на Земле на берегу Мертвого Моря, наиболее вероятно, что вы будете находится на другом континенте, возможно изучая Гималаи или пустыню Сахара. Но что если у вас было бы 10,000 преданных исследователей, и у каждого из них был бы парашют?
Вы высаживаете их на произвольной позиции на планете, и даете задание найти самую низкую точку в том регионе, где их посадили; вы принимаете сообщения о самых низких точках, что они обнаружили. Ваши шансы обнаружения становятся очень большими, и чем больше количество исследователей, которых вы можете послать, тем больше ваш шанс успеха."
Итак, ваш компьютер будет работать следующим образом: в начале вычисления (парашют в произвольно выбранный регион) считаем энергию в этой точке, затем найдем самую низкую энергетическую точку в районе. В конечном счете, на сервер проекта сообщается самая низкая энергетическая структура, которая найдена, вместе с энергией этой структуры. Сервер сравнит энергию всех низких энергетических структур, обнаруженных всеми участвующими процессорами, и определит самую низкую из всех энергетических структур.
На первом этапе проекта, который продолжается и сейчас, стоит несколько более простая задача: Мы будем пытаться с помощью данного проекта определить самую низкую энергетическую структуру белков, для которых она уже была вычислена с использованием сложных, дорогих, и кропотливых экспериментальных методов (этих методов мы не будем касаться в рамках данной статьи) и сравнить результаты. Как только мы узнаем, какая вычислительная мощность требуется для точного определения структуры белка, будет запущена вторая фаза проекта – вычисление белков с неизвестными структурами.
Каждые два года ведущие специалисты в области молекулярной биологии проводят научно- практическую конференцию – CASP (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) - Критическая Оценка Методов для Белкового Структурного Прогноза. CASP представляет собой "мозговой штурм" в области прогнозирования белковых структур, на данных конференциях представляются различные методы и способы прогнозирования, а также подводятся итоги научных и практических разработок в данной области науки.
Последний CASP (шестой по счету) был проведен в 2004 г. Очередной (CASP7) состоится в ноябре 2006 г. в Калифорнии. Конференция не только научная, но и практическая, и участники разных молекулярно- биологических проектов, в том числе и проекта Rosetta@Home, будут непосредственно испытывать на своих компьютерах новые методы прогнозирования белковых структур, так что это еще будет и соревнование между различными «биологическими школами» (например, проекты Predictor@Home и Rosetta@Home – чей прогноз окажется точнее?)
В общих чертах, это будет выглядеть так: за несколько месяцев до начала CASP7 будут представлены несколько так называемых «целей» - белковых структур, параметры которых удалось определить сложными дорогостоящими экспериментальными методами. Результаты этих экспериментальных методов, расчетов и сама структура белков пока будет закрыта до окончания CASP7 (чтобы соблюсти чистоту эксперимента).
Каждый участник эксперимента (для нашего случая все сообщество участников проектов Rosetta или Predictor) - рассчитывает прогноз для данного белка и отсылает полученные результаты организаторам. Группа судей - независимых экспертов (только они будут знать истинную структуру искомых белков) оценивает по разным критериям качество прогноза и на основании этого определяет победителя. Все результаты прогнозов и истинные структуры белков, после окончания CASP7, естественно, будут открыты, опубликованы и представлены всем желающим в свободный доступ.
В связи с этим, в рамках подготовки к столь важному событию, в проекте Rosetta@Home начато выполнение расчетов некоторых белков из предшествующих испытаний CASP6, чтобы протестировать работу систему в целом и избежать возможных ошибок при запуске CASP7.
Rosetta - это программа предсказания структуры и конструкции белка. Что такое белок (протеин)? Белок это полимер из аминокислот, закодированный геном.
Что такое аминокислоты?
Аминокислоты это химические детали, из которых формируются основные стандартные блоки белков. Есть 20 различных аминокислот, которые определены генетическим кодом. Эти 20 аминокислот относятся к различным группам, основанным на их химических свойствах: кислой или щелочной, гидрофильной (любящий воду) или гидрофобной (жирной).
Что делают белки?
Белки выполняют много основных функций в клетках живых организмов. Они копируют и поддерживают геном (ДНК), помогают клеткам расти и делиться, мешают им расти слишком много, дают клетке ее идентичность (печень, нейрон, поджелудочная железа, и т.д.), помогают клеткам общаться друг с другом. Белки, когда они видоизменяются или когда затронуты токсинами могут вызвать болезнь, типа рака или Альцгеймера. Бактериальные и вирусные белки могут захватить клетку и уничтожить ее. Короче говоря, белки делают все.
Как белки выполняют все их различные функции?
Каждый белок сворачивается в уникальную 3-мерную форму, или структуру. Эта структура определяет функцию белка. Например, белок, который разрушает глюкозу в клетке, способный использовать энергию, сохраненную в сахаре, будет иметь форму, которая распознает глюкозу и связывает ее (как замок и ключ). Он будет иметь химически реактивные аминокислоты, которые будут реагировать с глюкозой и разрушать ее, освобождая энергию.
Почему белки сворачиваются в уникальные структуры?
Уже давно известно, что для большинства белков наиболее устойчивое состояние - в термодинамическом минимуме. На английском языке, имеется в виду, что уникальная структура белка - самое устойчивое состояние, которое он может принять. Представьте шар в трубе - шар будет всегда катиться вниз к основанию трубы, потому что это - самое устойчивое состояние.
Какие силы определяют природную уникальность (самую устойчивую) структуру белка?
Знание последовательности аминокислот достаточно, чтобы определить естественное состояние белка. На основании их различных химических свойств, некоторые аминокислоты связываются друг с другом (например, противоположно заряженные аминокислоты) и объединяются; другие аминокислоты стараются избежать воды (потому что они являются жирными), и управляют сворачиванием белка в такую компактную форму, которая исключает контакт воды с большинством аминокислот, которые "скрываются" в ядре этого уплотненного белка.
Почему так трудно определить природную структуру белка?
Даже маленькие белки могут состоять из 100 аминокислот. Число потенциальных структур, доступных для даже такого относительно маленького белка является астрономическим, потому что есть очень много степеней свободы. Вычислять энергию каждого возможного состояния (таким образом мы можем выяснить, какое состояние является самым устойчивым) - в вычислительном отношении тяжелая проблема. Проблема растет по экспоненте с размером белка. Некоторые человеческие белки могут быть огромными (1000 аминокислот).
Как Rosetta решает эту проблему?
Философия Розетты должна использовать и понимание физических и химических свойств различных типов аминокислотного взаимодействия , и знание того, какие локальные структуры являются наиболее вероятными для коротких отрезков аминокислот принятыми в пределах белка, ограничивать область поиска, и оценивать энергию различных возможных структур. Проверяя достаточно много структур, Розетта может найти самую низкую энергию, самую устойчивую естественную структуру белка.
Почему для предсказания структуры Розетта использует распределенные вычисления?
Во многих случаях, где родная структура белка уже известна, мы обратили внимание, что функция энергии Розетты может распознать естественную структуру как более устойчивое, чем любое другое выбранное состояние. Начиная со случайной формы, однако, мы заметили, что естественное состояние никогда не выбирается. Применяя большую вычислительную мощность для решения проблемы, мы можем образовать еще много форм белка, и пробовав различные стратегии поиска увидеть, какая является самой эффективной.
Как может Rosetta@home принести пользу медицинской науке?
Пожалуйста посмотрите нашу страницу "Исследование Болезней" с информацией о том, как Rosetta используется для решения медицинских проблем.
Моя исследовательская группа занимается фундаментальными исследованиями развития методов лечения болезней. Большинство информации на этом сайте сосредотачивается на фундаментальных исследованиях, но я думал, что Вам может быть интересным сообщение о той части нашей работы, связанной с лечением болезней, в которую Вы вносите свой вклад участвуя в проекте Rosetta@home.
Малярия (Malaria): Мы являемся частью совместного проекта, возглавляемого Остином Бертом (Austin Burt ) из Лондонского Имперского Колледжа, который является одним из участников Фонда Гейтса "Grand Challenge Projects in Global Health" ( Основные Проблемные Проекты Мирового Здоровья ). Малярия вызывается паразитом, который проводит часть своего жизненного цикла в моските, и вводится людям комариными укусами. Идея проекта в том, чтобы сделать москитов стойкими к паразиту, устраняя гены, требуемые для жизни паразита в моските. Наша часть проекта состоим в использовании базовых методов моделирования на наших компьютерах (РОЗЕТТА), чтобы проектировать новые ферменты, которые будут определять адресат и деактивировать эти гены.
Сибирская язва (Anthrax): Мы используем РОЗЕТТУ, чтобы помочь исследовательской группе Джона Коллира (John Collier's) из Гарварда в моделировании токсина сибирской язвы, которое должно внести свой вклад в развитие лечения. Вы можете читать резюме, описывающее часть этой работы: http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/102/45/16409
ВИЧ (HIV): Одна из причин, почему ВИЧ является таким смертельным вирусом, - то, что он развивался, чтобы обмануть соответствующую иммунную систему. Мы сотрудничаем с исследователями в Сиэтле и в NIH, чтобы пробовать разработать вакцину для ВИЧ. Наша роль в этом проекте является центральной - мы используем РОЗЕТТУ, чтобы проектировать маленькие белки, по указанию которых иммунная система может легко распознать даже небольшое количество оболочек ВИЧ белка в критических частях тела, и генерировать антитела. Наша цель состоит в том, чтобы создать маленькие устойчивые вакцины белка, которые могут быть достаточно дешевы и произведены во всем мире..
Другие вирусы Мы сотрудничали с лабораторией Пэма Бджоркмана (Pam Bjorkman's) в Кале Теч, чтобы использовать методологию РОЗЕТТЫ по стыковке белка с белком , для построения модели белков простого вируса герпеса в комплексе с человеческими белками.
Болезнь Альцгеймера (Alzheimer's disease): Причиной Болезни Альцгеймера и многих других болезней, вероятно, является белок abberant , белки которого при сворачивании формируют большие объединенные структуры, названные амилоид (amyloids) вместо того, чтобы сложить в их нормальные биологически активные состояния. Большое усовершенствование было сделано недавно исследовательской группой Дэвида Эйзенберга (David Eisenberg's) в UCLA в решении первой структуры амилоида. Мы сотрудничаем с их исследовательской группой, чтобы использовать эту структуру, для предсказания, какие части белков, возможно, формируют амилоид, и это будет первым шагом к блокированию амилоидных формирований и, мы надеемся, к лечению болезни.
Рак (Cancer): Рак может быть вызван мутациями в ключевых генах, которые разрушают нормальные клеточные процессы управления. Мы разрабатываем методы для того, чтобы вырезать ДНК на определенных участках генома, и мы будем прогнозировать участки, которые вовлечены в рак. После того, как эти участки вырезаны, они должны быть восстановлены клеткой, используя вторичную, видонеизмененную копию гена и клетка больше не должна быть злокачественной. Это - очень специфичная форма генотерапии, которая, в случае успеха, обойдет основную проблему современных методов генотерапии; а именно, современные методы вставляют видонеизмененную копию гена беспорядочно в геном, вставка произошла около ракового гена (oncogene), то генотерапия исправит одну болезнь, но вызовет другую. Поскольку наши методы будут нацелены на определенные участки вместо случайных участков, они должны избежать этой ловушки.
Рак простаты (Prostate Cancer): рецептор андрогена (AR) связывает тестостерон и отвечает за нормальное мужское развитие. Когда AR становится сверхчувствительным к тестостерону, результатом является рак простаты. Современное лечение для рака простаты, называемое "гормональная терапия", заключается в понижении количества доступного тестостерона (иногда путем кастрации). Много злокачественных опухолей являются стойкими к этой терапии, поэтому мы применяем нашу методологию моделирования белка таким образом, чтобы найти различные способы отключить AR и лечить рак простаты. Несомненно, мы пробуем проектировать белки, которые отключат AR даже в присутствии тестостерона. Мы делаем это, проектируя белки, которые будут препятствовать проникновению AR в ядро клетки (который проникает туда для грязной работы), и также препятствовать ему связывать ДНК и активизировать определенные для опухоли гены, даже если рецептор действительно проникнет в ядро.
Вышеупомянутые проекты не выполняются в настоящее время на BOINC, потому что мы не имеем эффективной системы организации очереди, которая позволяет людям свободно получать задания, но надеемся в ближайшее время решить эту проблему! Кроме того, можете быть уверены, что вычисления предсказания структуры, выполняющиеся в настоящее время на ваших компьютерах будут иметь прямое влияние на методы лечения болезней. Есть тройное объяснение этих прямых взаимосвязей между предсказанием структуры и лечением болезни: 1. Предсказание структуры и конструкция белка тесно связаны. Усовершенствования предсказания структуры приводят к усовершенствованиям конструкции белка, который в свою очередь может быть непосредственно оттранслирован в создание новых ферментов, вакцин, и т.д. Для получения дополнительной информации по конструированию белка Вы могли бы обратиться к научному обзору, который мы недавно написали, и который доступен на нашей домашней странице ( http:// depts.washington.edu/ bakerpg ). Schueler-Furman, O., Wang, C., Bradley, P., Misura, K., Baker, D. (2005). Progress in modeling of protein structures and interactions Science (Прогресс в моделировании белковых структур и научное взаимодействие) 310, 638-642. 2. Структурные предсказания определяют цели для новых лекарств. Когда мы предсказываем структуры для белков в человеческом геноме в большом объеме, мы узнаем о функциях многих белков, которые помогут в понимании того, как клетки работают и как происходит болезнь. Кроме того, мы будем в состоянии идентифицировать много новых потенциальных лекарственных целей, для которых могут быть спроектированы маленькие молекулярные ингибиторы (лекарства). Можно сказать, что это один из основных путей в разработке новых методов лечения человеческих болезней и идентификации новых "лекарственных" объектов белка. Большинство новых лекарств в наши дни взаимодействуют с теми же самыми объектами как и старые препараты, таким образом эти лекарства приводят только к небольшим усовершенствованиям в лечении болезни. Предсказание структуры помогает нам идентифицировать новые объекты для препарата, и так поможет нам находить инновационным, возможно даже крупное достижение, в методах лечения болезней. 3. Структурные предсказания позволяют использовать "рациональные конструкции" для создания новых лекарств. Если мы знаем структуру белка, мы можем определить его функциональные участки, и определить те участки, которые нужно инактивировать новым препаратом. Вычисление того, соединится ли маленькая молекула препарата с белковым объектом и будет ли он инактивирован, подобно разными способам вычисления предсказания структуры, которые мы делаем здесь - это - в основном проблема обнаружения самой низкой структуры энергии белка плюс система препарата - и мы недавно разработали новый модуль в РОЗЕТТЕ, чтобы решить проблему такого соединения. Результаты очень перспективны, и в ближайшем будущем ваши машины будут вероятно рассчитывать лекарства, объединяя вычисления вакцины и терапевтических проектов конструирования белка, описанных выше, в дополнение к вычислениям сворачивания белка, которые Вы делаете сейчас.
Развлечение для ебанутых школьников, которые хотят почувствовать себя причастными к чему-то великому. Дауны, неужели вы думаете, что если бы проблема старения и болезней сводилась к математической задаче, то на это не выделили бы ебовейшую кучу бабла? Каким-то ебаным физикам строят коллайдеры за миллиарды долларей, чтобы они могли дрочить там на никому не нужные невидимые частицы, а на вопрос бессмертия сильные мира сего по вашему пожалели бы денег и не выделили бы несколько лярдов на йоба-камплюктер, который посчитал бы ваш белок за один день? Вы дауны, алсо решение вечной молодости и бессмертия уже очень близко, гуглите Владимира Скулачева и SKQ1
Не понял с портами, что ей надо открывать. Мутно написано. . Port 80 (http) is used for most communications with the project servers. Port 443 (https) is used if the password is being exchanged . Ports 1043 and 31416 are used for local control as well as for remote control of a BOINC client. 1043 is preferred and 31416 is a fall back. Unless you are RPC'ing over the Internet don't open 1043 and 31416 in your non-local firewall specifically for BOINC.
>>117800527 Они используются, видимо, для локального внешнего контроля. Тип ты сисадмин и можешь следить за офисом, где на всех компах эта программа. Домашнему пользователю не надо.
>>117800809 Ей выставленый не самый большой приоритет и основные ресурсы будут отданы твоей работе. Минимальные ресурсы(хотя запускали и на меньших): Объём места на диске 130 МБ Используемый объём памяти 255 МБ Графический интерфейс есть Среднее время расчёта задания 0,5—10 часов (возможно управление временем) Deadline 10 дней Возможность использования GPU нет
раз тред наплаву, всёже встёплю в дисскуссию, но буду сагать, ок?
итак
мне 24, недурён, знаю толк и тд и тп пробовал майнить с десяток криптовалют, понял что либо нихуя либо сотая копейки за сутки. ибо слабые мощьности у меня в том числе майнил гап-коин. Gap - это крипта, где вычисления не просто так - а поиск интервалов между натуральными числами. хотелось быть полезным, майня крипту, чо.
в том числе обмазывался этими вашими боинками и прочими РАСПРЕДЕЛЬНЫМИ ВЫЧИСЛЕИЯМИ. даже оно работало некоторое время, даже сейчас бы обмазался.
суть
давно слышал что можно както не просто вычислять, А ЧТОБЫ ТЕБЕ МОНЕТКУ RIPLE ЗА ЭТО ДАВАЛИ долго, но безуспешно пытался сделать так. вкратце нихуя не понял как там чо там регестироваться, вроде на оф сайте нихуя невозможно
либо пошлите меня нахуй (и объявите себя зашкваром) либо скажите как это сделать (и я вольюсь в ваши ряды) либо хз, посоветуйте штоле чтонить
http://arhivach.org/thread/150597/
Два треда о протеинах были удалены.
Ищите нас на свободной нaнoбoрдe(гитхаб): github.com/nanoboard/nanoboard.