Вообще, если всерьёз говорить о недостатках/проблемах нювегаса, то это например боевая часть. Судя по тому, что за эти годы нарожали мододелы, боёвка могла быть гораздо пизже и механически (отдача, режимы огня, прицелы с переменной кратностью и т.п.), и в плане ощущений (более пиздатые звуки, анимации, эффекты при стрельбе).
И ещё на ум приходит слабая проработанность Легиона (мало локаций, персонажей, квестов, диалогов и пр.) - а он тащем-та является одной из важных фракций в мире игры.